Ближайшее будущее, 2032 год, погружает человечество в мир, где технологии и реальность переплетаются. Люди научились сосуществовать с киборгами и роботами, которые стали неотъемлемой частью повседневной жизни. В этом высокотехнологичном обществе выделяется Бато, детектив из отдела по борьбе с терроризмом. Его сущность уникальна — он является живым киборгом, обладая искусственными конечностями и другими модификациями, но сохранившим человеческий мозг и воспоминания о прошлом, в том числе о таинственной Мотоко Кусанаги, которая глубоко запечатлелась в его сознании.
Совместно с напарником Тогусой, Бато занимается расследованием таинственной серии убийств, связанных с роботами, которые, по всей видимости, стали причиной гибели своих владельцев. Особое внимание привлекают секс-андроиды от компании Locus Solus, относящиеся к экспериментальной модели. Компания пытается скрыть скандал и предпочитает отозвать проблемные устройства с рынка, стремясь договориться с семьями погибших. Однако Бато и Тогуса не намерены идти на компромиссы; их стремление к справедливости и невозмутимость в расследовании делает их непреклонными противниками, готовыми противостоять любому давлению со стороны магнатов технологий.